新疆社會科學院于1981年3月正式成立。建院27年以來，新疆社會科學院共承擔了國家、自治區社會科學基金項目148項，共計出版著作（含譯著）594部，發表學術論文、調查報告萬余篇。近幾年來，新疆社會科學院在哲學社會科學研究方面取得了較大的成績︰
一．新疆社會科學院的哲學社會科學研究聯系實際、立足區情、著力突出地域特色和民族特色，在全國哲學社會科學研究事業中具有重要地位和不可替代性
（一）圍繞意識形態領域反分裂斗爭，加強了新疆歷史和現實問題的研究新疆是一個多民族、多宗教的邊疆少數民族地區。目前，新疆社會局勢總體保持平穩。但是，西方敵對勢力及境內外的“三股勢力”並沒有停止其在新疆的滲透和分裂活動。他們惡意歪曲新疆某些歷史片斷為其分裂活動制造理論依據，頻繁制造所謂的“民族”和“宗教”問題蠱惑煽動基層群眾。新疆社會科學院通過對新疆歷史、新疆的宗教演變史和民族發展史的深入研究，加強對民族和宗教現實問題的深刻辨析，有力地駁斥了西方敵對勢力和“三股勢力”的反動觀點，剖析了其謬論根基和現實危害，澄清了是非及模糊認識，發揮了哲學社會科學咨政育人的功能和作用。
（二）圍繞對外交流與合作，加強了新疆周邊國家的研究近些年來，毗鄰新疆的中亞、西亞和南亞地區政局動蕩，民族宗教沖突不斷，成為影響新疆穩定和發展的一個重要外部因素。此外，加強與中亞各國的全方位交流與合作，不僅對新疆全面建設小康社會有積極的促進作用，更對我國長遠的經濟發展戰略規劃，特別是能源安全戰略具有著重要的影響。針對這一現實，新疆社會科學院加強了對新疆周邊國家的政治經濟形勢、社會狀況及其發展態勢的研究，加強了我國與這些國家的雙邊關系、中亞及周邊國家的市場現狀及前景的研究，加強了周邊環境對新疆社會穩定、經濟社會發展及我國國家安全的影響等問題的深入調研和系統研究，為黨和政府制定相關政策以及采取具體措施提供了重要的參考依據。
（三）圍繞全面建設小康社會，加強了新疆經濟發展過程面臨的重大問題研究新疆的經濟發展，人民生活水平的逐步提高無疑會對新疆的社會穩定提供最有效的保證。因此，新疆必須在一手抓穩定的同時，千方百計地抓經濟建設。隨著國家西部大開發戰略的實施，新疆社會科學院進一步加強了對新時期新疆經濟發展重大問題的研究，積極探索我國經濟欠發達地區發揮後發優勢、實現跨越式發展和趕超型戰略的有效模式，為新疆盡快縮小與發達省區的經濟發展差距謀劃有效的路徑。
二．近年來，新疆社會科學院哲學社會科學研究的優秀成果主要集中在以下幾個方面︰
（一）新疆歷史研究
新疆社會科學院在新疆地方史、新疆民族史等研究領域中取得了很大成績，涌現出一批令人矚目的研究成果。其中《新疆簡史》(1－3冊)、《中亞史》、《突厥史》、《新疆古代社會生活史》、《柯爾克孜族簡史》、《錫伯族簡史》、《安西與北庭》、《絲綢之路與東察合台汗國史研究》、《新疆史綱》、《吐魯番史》、《新疆歷史與文化》、《歷史上的鄯善》、《歷史上的新疆》、《北庭春秋——古代遺址與歷史文化》等著作的出版均引起國內外學術界的廣泛關注。在清代新疆史研究方面，先後出版了《〈清實錄〉新疆資料輯錄》、《新疆地方歷史資料》、《伯克制度》、《衛拉特史研究》、《錫伯族歷史與文化》、《新疆近代史論稿》、《新疆察哈爾蒙古歷史與文化》等著作。此外，還承擔完成了國家、自治區社科基金項目以及社會各界委托項目30余項，涉及新疆古代史、近代史和民族史等多個學科領域。目前，新疆社會科學院新疆歷史學科已經成為廣受國內外學術界矚目的研究新疆地方史的中心以及培育新疆歷史問題研究專門人才的搖籃。
從2005年起，新疆社會科學院承擔了國家社科基金重大委托項目《新疆通史》的編纂工作。《新疆通史》項目主體工程分為13卷15冊，將在充分汲取多年來新疆考古新發現和歷史研究最新成果的基礎上，對諸如新疆的史前文化、民族形成和演變、民族關系、新疆民族文化、社會形態、新疆古代與中原地區的聯系，以及歷代中央政府對新疆的政策及其演變等一系列重大學術理論問題作出實事求是的準確回答，建立新疆歷史編寫的通史體系，為正確闡述新疆歷史作出貢獻。
（二）中亞研究
新疆社會科學院中亞學科的研究領域已超出中亞五國範圍而涉及到與之毗鄰的俄羅斯、阿富汗、巴基斯坦、印度、伊朗、土耳其等國政治、經濟、歷史和文化問題。自2003年起，《歐亞戰略叢書》陸續問世，包括︰《中亞的地緣政治文化》、《美國的歐亞戰略與中南亞五國》、《中亞的民族關系︰歷史、現狀與前景》、《印巴分立︰克什米爾沖突的濫觴》、《從千年第一戰談起》、《2003︰走出陰霾》、《“東突”問題︰來自學者的報告》、《車臣︰俄羅斯的反恐戰爭》、《中亞國家的內政外交》、《新疆宗教現狀調察報告》。除此之外，還出版了《民族自決還是民族分裂》、《泛突厥主義文化透視》、《中南亞的民族宗教沖突》等學術專著。這些具有較高學術水平的著作為人們了解和認識中亞及與我國毗鄰的周邊國家提供了新概念、新視角、新的形勢概括和新的學術觀點，表明新疆社會科學院中亞學科已步入國內學術相關領域的前沿。
此外，新疆社會科學院中亞學科還承擔完成了多項國家、自治區社會科學基金項目及黨委政府部門的特別委托項目，其中較為重要的有︰中共中央新疆工作領導小組辦公室項目《如何進一步發揮上海合作組織的作用，加強我與新疆周邊國家在打擊“三股勢力”方面的國際合作》；國防科學技術工業委員會科研項目《新疆周邊國家事態》等。近些年來，新疆社會科學院中亞學科將最新研究成果通過研究報告、內參等形式（《要報》、《中亞要論》、《中亞西亞反映》）將研究成果及時報送自治區黨委，得到主要領導同志的充分肯定和高度重視。
（三）民族研究
新疆社會科學院民族學科近年來先後組織科研人員在新疆各地進行了10余次大型社會調查活動，搜集編寫了數百萬字的調查資料，承擔完成了多項國家、自治區社科基金項目，比較重要的有︰《新疆多民族混合家庭研究》、《內地高校中新疆籍少數民族學生思想現狀調查與教育管理研究》、《哈薩克族傳統文化和哲學研究》、《衛拉特民俗研究》、《少數民族地區新農村建設中維吾爾族農村文化發展研究》、《哈薩克族譜系研究》、《新疆南部維吾爾族聚居鄉村中的漢族居民》等。近年來出版的著作有︰《西部大開發與民族問題》、《中國哈薩克族傳統文化研究》、《維吾爾族風俗志》（維吾爾文）、《維吾爾族生活方式－從傳統向現代轉型》、《新時期新疆民族與宗教問題研究》、《南疆脫貧問題社會學調查》、《新疆流浪兒童研究》等。
自2005年起，新疆社會科學院民族學科啟動了自治區重點學科項目︰《目前新疆少數民族在現代化進程中面臨的若干重大問題研究》。該課題計劃每年挑選一個典型縣作為調查點，對新疆的民族發展、民族關系、民族心理、宗教現狀、宗教意識、各民族各類型群眾的情緒、心理等問題進行廣泛深入的調查研究。重點是對影響新疆穩定和國家安全的社情進行調查研究，對典型地域、人群進行跟蹤調研，對“三股勢力”的形成發展及其社會基礎進行調查研究，為國家和自治區黨政決策部門提供詳實的社情信息。
（四）宗教研究
新疆社會科學院宗教學科先後出版了《馬克思主義宗教觀與新疆宗教問題》、《中國新疆地區伊斯蘭教史》、《新疆宗教演變史》、《新疆回族伊斯蘭教史略》、《馬克思主義宗教觀通俗讀本》、《新時期新疆民族與宗教問題研究》和《新疆伊斯蘭汗朝史略》等多部著作，並參與了《中國大百科全書?宗教卷》、《中國伊斯蘭百科全書》和《中國各民族宗教與神話大詞典》等大型辭書以及30余部著作的撰寫。近年來承擔的國家社會科學基金項目主要有︰《當代新疆宗教調查與研究》、《新疆依禪派研究》、《新疆蒙古藏傳佛教研究》、《黨的民族宗教政策在新疆的實踐》，承擔中共中央新疆工作領導小組辦公室項目有︰《新疆“伊扎布特”研究》、《宗教問題對新疆穩定的影響和改進工作的意見》。
2006年7月開始，新疆社會科學院宗教學科啟動了重點學科研究項目《當代新疆宗教調查與研究》的調研工作，這是建國以來新疆第一次對各民族、各宗教進行全方位的調查，力圖掌握各民族的宗教信仰狀況及深層原因，宗教在社會中的影響、作用及變遷，宗教人士的素質及社會影響，宗教活動場所的現狀、特點、功能及新變化等，為新疆宗教現狀研究提供基礎資料，為相關部門提供決策依據。
（五）經濟研究
新疆社會科學院經濟學科近年來出版的學術著作有︰《石油天然氣勘探開發與新疆社會經濟發展》、《新疆少數民族傳統經濟生產方式研究》、《面向 21 世紀新疆經濟開發開放戰略研究》、《烏魯木齊縣城郊農業化戰略研究》、《達阪城區全面建設小康社會戰略研究》、《烏魯木齊市城市經營戰略研究》、《哈巴河縣域經濟發展與新農村建設研究》、《傳統畜牧業向現代畜牧業轉變研究》等，承擔的國家社會科學基金項目主要有︰《21世紀新疆生產建設兵團的戰略地位及改革與發展研究》、《新疆游牧民族農業經濟問題研究》、《新疆世界銀行貸款項目中當地少數民族“共同參與”、“共同享有”研究》等。此外，還承擔了大量地方政府和企業的橫向委托課題。
自1999年開始，新疆社會科學院重點研究項目《新疆經濟社會形勢分析與預測》啟動，該課題是新疆社會科學院經濟研究的一個重要支撐點。《新疆經濟社會形勢分析與預測》的課題研究，采取專題研究與綜合研究相結合，專業研究人員與實際工作部門工作者相結合，理論研究與實際調查相結合。課題組緊緊圍繞新疆發展與穩定兩大主題，針對當年新疆經濟運行和社會發展中的難點、熱點及重大問題開展深入研究，並在此基礎上撰寫出當年的《新疆經濟形勢分析與預測》、《新疆社會形勢分析與預測》總報告及相關專題報告。目前，這一研究成果已經引起有關決策部門及專家學者的重視，受到相關部門和領導的肯定。
此外，新疆社會科學院另有馬列主義毛澤東思想、少數民族語言、少數民族文學、法學、農村發展、社會學、鄧小平理論和“三個代表”重要思想研究中心等特色學科，這些學科緊緊圍繞新疆經濟發展和社會穩定的重大理論問題和現實問題進行研究，取得了一批高質量的研究成果，為新疆的經濟發展和社會穩定提供了強有力的智力支持。
